Az agykoponya:
A kutya koponyájának felső, az agyat körülvevő része. Alakja fajtánként változó. A csivava esetében például a tenyésztők a magas, domború agykoponyát részesítették előnyben, sőt olyankor sajnos odáig mentek, hogy örökletes agykamratágulatban szenvedő állatokat vettek tenyésztésbe.

Az orrnyereg(stop):
Ez az a pont, ahol a homlokcsont orrgyöki része véget ér és az orrcsontba megy át. Egyes fajták- így a boxer- esetében előírják, hogy a stop szembetűnő legyen, más fajták- például az angol agár vagy a bulltertier- esetében nem.
   A koponyán hátrafelé haladva a homlokcsont a falcsontba, ez pedig a nyakszirtcsontba megy át. A basset hound esetében a nyakszirt a koponya legkiemelkedőbb pontja, de ez a tulajdonság a kölykön csak 9-10 hetes kortól ismerhető fel.

Az agy:
A kutya és az ember agya főleg a nagyagy kérgének szerkezetében tér el egymástól:az emberi agy szürkeállománya sokkal kiterjedtebb a kutyáénál. Bár a szervezet életműködéseinek és mozgásának összehangolására mindkét fajnak szüksége van, ezt a feladatot az ember agya sokkal kifinomultabban látja el. A kutya agya elsősorban a külvilági ingerekkel van elfoglalva, a különféle tudattartalmak összekapcsolása céljára csak az agy egészen kicsiny rész áll rendelkezésére. Játszva megtaníthatjuk kutyánkat egy 10 forintos érme felismerésére, de hogy mi is az a pénz, és hogy ezért a pénzérméért mennyi kutyaeledelt lehet vásárolni, azt, ha megfeszülünk, akkor sem fogja megérteni. Az ember súlycsoportjába tartozó kutyafajta, például a bernáthegyi agyának tömege csupán 15 százaléka az emberi agy tömegének. Érdekes módon az agy szaglásérzékelésért felelős területe a kutyák agyában negyvenszer annyi sejtből épül föl, mint az emberében.